1945년 일본에 원자폭탄이 투하되기 2개월전 히로시마.
전쟁의 상처로 얼룩져 있는 작은 어촌에 모든 환자를 간염이라고 진단하여 간장선생이라는 별명을 얻은 의사 아카기가 있다.
사람들은 그를 돌팔이라고 수군거리지만 아카기는 아랑곳 하지 않고 의사로서의 본분을 다하려 동분 서주 한다.
어느날 전직이 몸파는 사람이었던 소노코 라는 창녀가 간호사로 들어오고 병원은 더욱 활기를 띠어 간다.
아카기의 헌신적인의술을 보며 소노코는 자신의 삶이 무엇인가을 깨닥고 결국 그를 사랑하게 된다.
그러나 간장선생의 관심사는 오로지 온통 간염을 잡는데 집중되어 있다.
사랑이 찾아와도 하나뿐인 아들이 전쟁이 징집되어도 그는 여전히 간염을 박멸할 방법만을 생각하며 달려갈 뿐이다.
그러던중 아들 이치로의 전사소식을 듣게 된 아카기는 비통한 심정으로 신사에 무릅을 꿇고 다짐한다.
아들아 간염은내가 잡겠다라고^^
하늘이 도운 것인지 아카기를 돕는 손길이늘어난다.
이들은 각 각 다른 방법으로 아카기를 도우며 고배율을 현미경을 이용 간염균의 정체를 밝히려 노력하게 되고...